La fondazione della chiesa si attribuisce a S. Antonio da Padova, che nel 1230, passò da Saronno per recarsi a Varese. Il ciclo degli affreschi fu commissionato dal Maderna ad Ambrogio Legnani nel 1678, ove in seguito vi lavorarono anche Stefano Legnani, detto il Legnanino, Bellotti, Lanzani, Bianchi e i fratelli Giovanni Pietro e Aurelio Luini.

Gli affreschi che decorano le cappelle laterali hanno dovuto essere sottoposti a interventi di restauro che si è reso necessario per salvaguardarli dall’alto tasso di umidità che ne minacciava seriamente il loro esistenza.

Per la loro conservazione l’intervento di restauro si è quindi dovuto porre il problema della rimozione delle efflorescenze saline per poi proseguire con l’opera di consolidamento degli affreschi, sia con bendaggi, sia con il consolidamento vero e proprio. La riadesione degli intonaci dipinti agli intonaci sottostanti è stata ottenuta attraverso l’esecuzione di iniezioni in profondità. Successivamente si è potuto procedere con la pulitura sia a secco sia ad impacco delle superfici dipinte. A conclusione delle lavorazioni di restauro si è proceduto con l’integrazione pittorica realizzata mediante l’utilizzo di pigmenti minerali, legati con caseinato di calcio; per quanto riguarda gli sfondati, questi sono stati trattati ad acquerello in maniera mimetica, mentre per quel che concerne le parti figurative è stato impiegato il metodo del rigatino.