Nel 1619/20 Federico Borromeo diede ordine di modificare l’apparato decorativo della chiesa perché non più concordante con le esigenze di culto del tempo. Nell’attesa di avere la disponibilità economica per eseguire un apparato decorativo consono con le direttive impartite fu deciso di ricoprire i dipinti prima con una scialbatura e successivamente con un intonaco. L’operazione fu condotta in modo poco ortodosso e causò notevoli danni alle superfici dipinte aggiungendo lacune e distacchi a quelli causati dalle martellinature che erano state eseguite per applicare l’intonacatura.

Pertanto si sono resi necessari interventi di conservazione e di restauro delle pitture murali dell’abside e dell’arco trionfale della chiesa di Santa Maria della Misericordia, che inizialmente hanno portato alla riadesione alla struttura portante degli strati di intonaco dipinto staccati. Con impacchi di carbonato di ammonio e rifinitura con ultrasuoni e bisturi sono stati rimossi gli strati di scialbo.

Contemporaneamente si sono consolidati tutti i frammenti di colore distaccati o sollevati, mediante iniezioni o diffusioni attraverso fogli di carta giapponese di caseinato di calcio. Le efflorescenze saline sono state trattate prima con carbonato di ammonio, e successivamente con idrossido di bario. Infine il ritocco è stato eseguito con colori ad acquerello con la tecnica del tratteggio.